Действие игры происходит за 700 лет до событий, произошедших в первых двух частях. Страна Ис в те времена процветала, находясь под чутким руководством двух богинь и шести Великих Священников. Основой процветания Ис была Чёрная Жемчужина - могущественный артефакт, даровавший людям различные благословения. Первым из них была магия, с помощью которой можно было творить различные чудеса, а вторым - волшебный металл Клерия, способный во много раз усилить эффект чар, и из которого делали различные артефакты. Однако богини не смогли предвидеть, что их детище начнёт впитывать все тёмные и мерзкие помыслы людей, одержимых звоном драгоценного металла. Зависть, жадность, ненависть - всё это стало обратной стороной Клерии. Впитав в себя всю негативную энергию, жемчужина стала чёрной и начала притягивать к себе существ из потустороннего мира. Вскоре орды демонов обрушились на Ис, после чего людям пришлось искать укрытия в храме Соломона, считавшегося домом богинь. Великим Священникам и богиням удалось с помощью магии поднять храм высоко в небо, подальше от царящего на земле хаоса. Но беды на этом не закончились - из-под земли поднялась огромная демоническая башня, после чего ужас, царящий на земле, стал медленно распространяться и на воздух. Во время всей этой суматохи произошло ещё одно непредвиденное событие - богини бесследно исчезли.


700 years before the events of Ys I & II, the land of Ys was on the brink of destruction. Demons came in droves and forced the twin Goddesses who ruled the land to whisk their subjects away from the surface, into the safe embrace of the clouds. The demons were persistent, however, erecting a massive tower in pursuit. The battle that raged upon the ground had begun ascending for a second round up above. One day, amidst this turmoil, the Goddesses stole away into the night, vanishing from Ys altogether. And there's only one place they could have gone: the Devil's Tower.
A search party of knights and sorcerers was hastily formed and dispatched to the surface in hopes of retrieving these runaway deities. Among its members were apprentice knight Yunica Tovah and troubled sorcerer Hugo Fact. This is their story. Or at least, it's how each of them remembers it.